En mars 1999, le dispositif national d’accueil compte 63 Cada dont deux centres de transit et 28 CPH répartis sur l’ensemble du territoire français, pour une capacité d’environ 4 000 places. Il est insuffisant pour faire face à plus de trente mille demandes d’asile annuelles. La situation s’aggrave et des solutions d’urgence sont fabriquées en hâte comme l’ouverture d’un centre d’urgence à Sangatte. Ce lieu deviendra le symbole de tous les errements de la politique française en matière d’immigration et d’asile.
Pendant ce temps, France terre d’asile se mobilise fortement en faveur des mineurs isolés demandeurs d’asile et de l’intégration des réfugiés statutaires. En effet, jusqu’ici, les mineurs isolés représentent une très faible partie du public réfugié de toutes origines et sont accueillis dans les mêmes structures que leurs aînés.
En 1992, ils sont une centaine de mineurs isolés de toutes origines sur la France entière. Les mineurs arrêtés par la police de l’air et des frontières sont envoyés vers la structure de France terre d’asile à Créteil. En 1995, un orphelinat rwandais y est accueilli puis les flux de mineurs en arrivée spontanée augmentent en 1996-1997. Le foyer de Créteil accueille à cette période plus de 30 mineurs isolés.
Sous la conduite de Pierre Henry, directeur général de l’association, France terre d’asile travaille alors activement sur cette nouvelle problématique et contribue à la rédaction d’un avis auprès de la Commission nationale consultative des droits de l’homme. En 1999, l’association fonde le Caomida, l’unique centre d’accueil et d’orientation pour mineurs isolés demandeurs d’asile en France. Ce centre, financé par l’État, a une capacité d’accueil de 33 places.
Donner un contenu social au droit d’asile a toujours été une préoccupation de France terre d’asile. Avec la création du département Intégration, c’est une action concrète en faveur des réfugiés et des migrants de droit qui est entreprise. La mise en place de dispositifs originaux d’accompagnement à l’emploi, au logement, à la formation, à la mobilité géographique et professionnelle des réfugiés mais aussi des régularisés de l’asile font de l’organisation un lieu d’expertise reconnu.
Les équilibres négociés durant les années 80 et la répartition des missions entre les associations intervenant sur le champ de l’asile sont questionnées dès 2000. La marchandisation du secteur social, le recours de plus en plus fréquent aux financements européens imposent une modification du fonctionnement des organisations. France terre d’asile n’échappe pas à la règle. Elle se professionnalise tout en conservant sa fonction de porte-voix des asilés. Cela ne se fait pas sans soubresauts.
Un mouvement social secoue l’organisation au début de l’année 2000. Conscient des modifications qui risquent d’intervenir à très court terme dans le secteur de l’asile, le conseil d’administration donne son aval à une politique d’implantation en province.
Entre 2001 et 2006, France terre d’asile ouvre 26 structures sur l’ensemble du territoire pour représenter environ 15 % de la capacité d’accueil du DNA en 2006. Fin 2003, la mission d’animation et de coordination du DNA que France terre d’asile assumait depuis trente ans a été transférée à l’Office des migrations internationales (OMI). En 2005, l’Agence nationale de l’accueil des étrangers et des migrations (Anaem) remplace l’OMI et absorbe le Service social d’aide aux émigrants (SSAE). Le ministère des Affaires sociales confie de nouvelles missions à France terre d’asile, portant principalement sur l’intégration des réfugiés statutaires.